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北京大学校友会的发展历程，最早可追溯至1919年。这一年，距京师大学堂创立已过21载，距其更名为北京大学也已过去7年。在纽约，以万兆芷为会长的“北京大学留美同学会”正式成立，其宗旨为“增进同学友谊，交换专门知识”。这是北京大学历史上第一个校友组织，也是校友会发展的起点。
进入20世纪20年代，北大校友组织从国外起步，先后在美国、欧洲等地成立，随后逐步延伸至国内，覆盖上海、北京、南京等城市。这一时期，校友活动十分活跃，但整体上仍处于自发、零散的状态，组织不够健全，规模较小，力量分散，服务校友的能力也十分有限。
从新中国成立到改革开放前后，长达三十余年里，校友会工作长期处于沉寂状态。
1984年5月4日，乘着改革开放的春风，经过众多校友的积极酝酿与呼吁，北京大学校友会终于正式成立，成为一个全国性的独立社团组织。1992年，校友会在民政部完成注册，正式获得独立社团法人资格。1999年百年校庆之后，校友会设立了常设秘书机构，并在北京大学教育基金会下设校友工作部。
进入新世纪，学校将校友工作提升到更加重要的战略位置，积极依托母校资源，持续加强与广大校友的联系，竭尽全力为校友的事业发展提供更广泛、更有力的支持。
2010年10月，在第七届理事会的积极推动下，学校审时度势，成立了独立的校友工作办公室，与北京大学校友会秘书处合署办公。该办公室既是北京大学的正处级职能部门，也是独立社团法人的秘书机构，为校友会在新时期的快速发展注入了全新活力，开创了校友工作的新局面。
如今，北京大学校友会正携手全球各地、各界30万“北大人”以及百余个校友组织，坚定地走在“服务校友、服务母校、服务社会”的征程上，阔步前行。